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anatomia/data-pipeline/seed/build-manifest-microscopy.mjs

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22 KiB
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// Gera manifest-microscopy.json (sistema "histologia" — tecidos).
//
// Citologia (a célula) NÃO usa mais este padrão: em vez de fotomicrografia
// 2D, virou um modelo 3D real de verdade (segmentação FIB-SEM de uma
// célula HeLa completa) — ver build-manifest-cell.mjs. Pra tecidos
// histológicos propriamente ditos, porém, a mesma limitação do tegumentar
// (ver build-manifest.mjs) continua valendo: não existe malha 3D real e
// aberta de tecido histológico. Fabricar formas geométricas seria
// exatamente o "método não realístico" a evitar — por isso aqui é
// FOTOMICROGRAFIA REAL (não ilustração), de domínio público ou CC, com
// hotspots, mesmo padrão do tegumentar.
//
// Curadoria das imagens (baixadas de commons.wikimedia.org, verificadas
// visualmente uma a uma pra confirmar que são fotos reais e não diagramas/
// ilustrações — vários candidatos populares como "Blausen ..." ou
// "Typical human cell" foram DESCARTADOS por serem ilustrações, não fotos):
//
// histologia/epitelio-simples-colunar.jpg
// Mucosa gástrica normal, H&E. Autor: Nephron. CC BY-SA 3.0.
// https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Normal_gastric_mucosa_intermed_mag.jpg
// histologia/epitelio-estratificado-pavimentoso.jpg
// Biópsia normal, H&E. Autor: Samir@enwiki. CC BY-SA 3.0.
// https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Tinci%C3%B3n_hematoxilina-eosina.jpg
// histologia/tecido-adiposo.jpg
// Tecido adiposo em corte de parafina (lipídios dissolvidos no
// processamento, por isso os adipócitos aparecem "vazios"). CC BY-SA 3.0.
// https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Yellow_adipose_tissue_in_paraffin_section_-_lipids_washed_out.jpg
// histologia/cartilagem-hialina.jpg
// Zonas da cartilagem articular (Bautista et al.). CC0.
// https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Histology_of_articular_cartilage_zones.jpg
// histologia/osso-compacto.jpg
// Osso desgastado (ground section), sistemas de Havers. Autor:
// Athikhun.suw. CC BY-SA 4.0.
// https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Compact_bone_histology_2014.jpg
// histologia/tecido-muscular.jpg
// Comparação real dos 3 tipos de músculo (esquelético/liso/cardíaco),
// OpenStax College. CC BY 4.0.
// https://commons.wikimedia.org/wiki/File:414_Skeletal_Smooth_Cardiac.jpg
// histologia/tecido-nervoso.jpg
// Medula espinhal de coelho. Autor: John Alan Elson. CC BY-SA 4.0.
// https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Rabbitspinalcord100x1.jpg
//
// histologia/epitelio-simples-pavimentoso.jpg
// Montagem total (whole mount), padrão "pedra de calçamento" típico do
// epitélio pavimentoso visto de cima. Berkshire Community College
// Bioscience Image Library (BCCB). CC0.
// https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Epithelial_Tissues_Simple_Squamous_Epithelium_(40823230315).jpg
// histologia/epitelio-simples-cuboidal.jpg
// Túbulos renais em corte transversal, H&E. BCCB. CC0.
// https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Epithelial_Tissues_Simple_Cuboidal_Epithelium_(41681552432).jpg
// histologia/epitelio-pseudoestratificado.jpg
// Traqueia de mamífero em corte transversal, H&E, mostrando o epitélio
// pseudoestratificado ciliado. Autor: Magscope. CC BY-SA 4.0.
// https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Trachea_(mammal)_histology_cross-section.png
// histologia/tecido-conjuntivo-frouxo.jpg
// Montagem total (whole mount) de tecido conjuntivo frouxo/areolar,
// mostrando a rede de fibras colágenas onduladas. BCCB. CC0.
// https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Connective_Tissue_Loose_Aerolar_(41743649782).jpg
// histologia/cartilagem-elastica.jpg
// Corte transversal de cartilagem elástica de mamífero (coloração
// especial pra fibras elásticas). BCCB. CC0.
// https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Connective_Tissue_Elastic_Cartilage_(41812803082).jpg
// histologia/fibrocartilagem.jpg
// Fibrocartilagem de mamífero, tricrômico (colágeno em vermelho,
// matriz cartilaginosa em azul). Autora: Magda Yurchishin
// (fotografada numa aula de biologia do ensino médio). CC BY 4.0.
// https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Microscopic_Image_of_Mammal_Fibrocartilage_Tissue.jpg
// histologia/esfregaco-sanguineo.jpg
// Esfregaço sanguíneo periférico corado (Wright), neutrófilo ao centro
// entre hemácias e plaquetas. Autor: Ajay Kumar Chaurasiya. CC BY-SA 4.0.
// https://commons.wikimedia.org/wiki/File:WBC_(neutrophil)_at_centre,_numerous_erythrocytes_and_platelets_(dot_like_bodies)_in_Wright's_stained_peripheral_blood_smear_(PBS)_microscopy.jpg
//
// As posições dos hotspots (x/y em % de cada imagem) ficam em
// frontend/src/data/microscopyHotspots.ts — só apresentação, como no
// tegumentar. Este arquivo só gera os DADOS da estrutura (nome, descrição).
import { writeFileSync } from "node:fs";
import { fileURLToPath } from "node:url";
import path from "node:path";
const __dirname = path.dirname(fileURLToPath(import.meta.url));
const structures = [];
function add(system, image, slug, namePt, nameEn, description, region = []) {
structures.push({
system,
slug,
namePt,
nameEn,
synonyms: [],
description,
regionPath: ["Histologia", ...region],
// Sem malha 3D — o caminho da fotomicrografia (servida como asset
// estático do frontend, igual à imagem do tegumentar) fica direto no
// campo modelFile; MicroscopyDiagram.tsx usa isso pra saber em qual
// imagem desenhar o hotspot de cada estrutura.
modelFile: image,
meshName: slug,
});
}
// ---------------------------------------------------------------------
// HISTOLOGIA — Epitélio simples colunar (mucosa gástrica)
// ---------------------------------------------------------------------
const EP1 = "/histologia/epitelio-simples-colunar.jpg";
add("histologia", EP1, "epitelio-superficie-gastrico", "Epitélio Colunar de Superfície", "Surface Columnar Epithelium",
"Epitélio simples colunar que reveste a superfície do estômago; suas células produzem muco alcalino que protege a mucosa do próprio suco gástrico ácido.",
["Tecido Epitelial"]);
add("histologia", EP1, "fovéola-gastrica", "Fovéola (Fosseta) Gástrica", "Gastric Pit",
"Invaginação do epitélio de superfície para dentro da mucosa, por onde as glândulas gástricas desembocam seu conteúdo (ácido, enzimas, muco) na luz do estômago.",
["Tecido Epitelial"]);
add("histologia", EP1, "glandulas-gastricas", "Glândulas Gástricas", "Gastric Glands",
"Glândulas tubulares na lâmina própria, abaixo das fovéolas, formadas por células especializadas (parietais, principais, mucosas) que produzem os componentes do suco gástrico.",
["Tecido Epitelial"]);
add("histologia", EP1, "lamina-propria-gastrica", "Lâmina Própria", "Lamina Propria",
"Tecido conjuntivo frouxo vascularizado que sustenta o epitélio e suas glândulas, presente sob todo epitélio de revestimento das mucosas do corpo.",
["Tecido Conjuntivo"]);
// ---------------------------------------------------------------------
// HISTOLOGIA — Epitélio estratificado pavimentoso
// ---------------------------------------------------------------------
const EP2 = "/histologia/epitelio-estratificado-pavimentoso.jpg";
add("histologia", EP2, "camada-basal-epitelio", "Camada Basal", "Basal Layer",
"Camada mais profunda do epitélio estratificado, apoiada na membrana basal; suas células cuboides se dividem continuamente para repor as camadas superiores que se descamam.",
["Tecido Epitelial"]);
add("histologia", EP2, "camadas-intermediarias-epitelio", "Camadas Intermediárias", "Intermediate Layers",
"Células poligonais em maturação, entre a camada basal e a superficial, ficando progressivamente mais achatadas à medida que se aproximam da superfície.",
["Tecido Epitelial"]);
add("histologia", EP2, "camada-superficial-epitelio", "Camada Superficial", "Superficial Layer",
"Camada mais externa, de células achatadas (pavimentosas); em mucosas úmidas (como esta) as células permanecem vivas e nucleadas, ao contrário da pele, onde se queratinizam e morrem.",
["Tecido Epitelial"]);
add("histologia", EP2, "membrana-basal-epitelio", "Membrana Basal", "Basement Membrane",
"Lâmina de matriz extracelular que ancora o epitélio ao tecido conjuntivo subjacente, servindo de suporte estrutural e filtro seletivo entre os dois tecidos.",
["Tecido Epitelial"]);
// ---------------------------------------------------------------------
// HISTOLOGIA — Tecido adiposo (conjuntivo especializado)
// ---------------------------------------------------------------------
const ADI = "/histologia/tecido-adiposo.jpg";
add("histologia", ADI, "adipocito", "Adipócito", "Adipocyte",
"Célula de tecido adiposo unilocular, especializada em armazenar gordura numa única grande gotícula lipídica; no preparo histológico de rotina o lipídio se dissolve, deixando a célula com aspecto de \"anel de sinete\" vazio.",
["Tecido Conjuntivo"]);
add("histologia", ADI, "nucleo-adipocito", "Núcleo do Adipócito", "Adipocyte Nucleus",
"Núcleo achatado, empurrado para a periferia da célula pela enorme gotícula de gordura que ocupa quase todo o citoplasma.",
["Tecido Conjuntivo"]);
add("histologia", ADI, "septo-conjuntivo-adiposo", "Septo de Tecido Conjuntivo", "Connective Tissue Septum",
"Fina faixa de tecido conjuntivo (com fibras colágenas e vasos sanguíneos) que separa os lóbulos de adipócitos entre si.",
["Tecido Conjuntivo"]);
// ---------------------------------------------------------------------
// HISTOLOGIA — Cartilagem hialina (zonas da cartilagem articular)
// ---------------------------------------------------------------------
const CART = "/histologia/cartilagem-hialina.jpg";
add("histologia", CART, "zona-superficial-cartilagem", "Zona Superficial", "Superficial Zone",
"Camada mais externa da cartilagem articular, com condrócitos achatados e fibras colágenas dispostas paralelamente à superfície — a orientação que melhor resiste às forças de cisalhamento do atrito articular.",
["Cartilagem"]);
add("histologia", CART, "zona-intermediaria-cartilagem", "Zona Intermediária (Média)", "Middle Zone",
"Zona de transição com condrócitos arredondados dispersos aleatoriamente numa matriz mais espessa, entre a organização paralela da superfície e a colunar da zona profunda.",
["Cartilagem"]);
add("histologia", CART, "zona-profunda-cartilagem", "Zona Profunda", "Deep Zone",
"Condrócitos organizados em colunas perpendiculares à superfície articular, produzindo a matriz mais rica em proteoglicanos — a arquitetura que melhor resiste às forças de compressão.",
["Cartilagem"]);
add("histologia", CART, "condrocito", "Condrócito", "Chondrocyte",
"Célula madura da cartilagem, alojada numa lacuna dentro da matriz que ela mesma secretou (colágeno tipo II + proteoglicanos); ao contrário do osso, a cartilagem não tem vasos sanguíneos — o condrócito se nutre só por difusão.",
["Cartilagem"]);
// ---------------------------------------------------------------------
// HISTOLOGIA — Osso compacto (sistemas de Havers)
// ---------------------------------------------------------------------
const OSSO = "/histologia/osso-compacto.jpg";
add("histologia", OSSO, "sistema-de-havers", "Sistema de Havers (Ósteon)", "Haversian System (Osteon)",
"Unidade estrutural cilíndrica do osso compacto — lamelas concêntricas de matriz óssea calcificada organizadas ao redor de um canal central com vasos sanguíneos e nervos.",
["Tecido Ósseo"]);
add("histologia", OSSO, "lacuna-osteocito", "Lacuna e Osteócito", "Lacuna and Osteocyte",
"Pequena cavidade na matriz óssea calcificada onde vive o osteócito, a célula óssea madura — presa na própria matriz que ajudou a formar quando ainda era um osteoblasto.",
["Tecido Ósseo"]);
add("histologia", OSSO, "canaliculos-osseos", "Canalículos Ósseos", "Bone Canaliculi",
"Canais microscópicos que conectam lacunas vizinhas entre si e ao canal central, permitindo que os osteócitos troquem nutrientes e sinais através de prolongamentos citoplasmáticos, mesmo enclausurados na matriz dura.",
["Tecido Ósseo"]);
add("histologia", OSSO, "canal-de-volkmann", "Canal de Volkmann", "Volkmann's Canal",
"Canal transversal/oblíquo que conecta os canais de Havers entre si e à superfície do osso, completando a rede vascular que nutre o tecido ósseo compacto.",
["Tecido Ósseo"]);
// ---------------------------------------------------------------------
// HISTOLOGIA — Tecido muscular (esquelético, liso e cardíaco lado a lado)
// ---------------------------------------------------------------------
const MUSC = "/histologia/tecido-muscular.jpg";
add("histologia", MUSC, "musculo-esqueletico-histologia", "Músculo Esquelético (Estriado)", "Skeletal (Striated) Muscle",
"Fibras longas, cilíndricas e multinucleadas (núcleos na periferia da célula), com estriações transversais bem visíveis; contração voluntária e rápida.",
["Tecido Muscular"]);
add("histologia", MUSC, "musculo-liso-histologia", "Músculo Liso", "Smooth Muscle",
"Células fusiformes (afiladas nas pontas), mononucleadas, sem estriações visíveis; contração involuntária e lenta, encontrado nas paredes de vísceras e vasos.",
["Tecido Muscular"]);
add("histologia", MUSC, "musculo-cardiaco-histologia", "Músculo Cardíaco", "Cardiac Muscle",
"Fibras estriadas, geralmente com um único núcleo central, que se ramificam e se conectam a fibras vizinhas por discos intercalares — a base estrutural da contração involuntária e sincronizada do coração.",
["Tecido Muscular"]);
// ---------------------------------------------------------------------
// HISTOLOGIA — Tecido nervoso (medula espinhal)
// ---------------------------------------------------------------------
const NERV = "/histologia/tecido-nervoso.jpg";
add("histologia", NERV, "substancia-branca-histologia", "Substância Branca", "White Matter",
"Região formada principalmente por axônios mielinizados (a bainha de mielina, rica em lipídios, é o que dá a cor clara/pálida); conduz os impulsos entre diferentes níveis do sistema nervoso.",
["Tecido Nervoso"]);
add("histologia", NERV, "substancia-cinzenta-histologia", "Substância Cinzenta", "Gray Matter",
"Região rica em corpos celulares de neurônios, dendritos e sinapses (sem a mielina que clareia a substância branca); é aqui que ocorre o processamento e a integração dos sinais nervosos.",
["Tecido Nervoso"]);
add("histologia", NERV, "corpo-neuronal-histologia", "Corpo do Neurônio (Soma)", "Neuron Cell Body",
"Região do neurônio que contém o núcleo e a maquinaria de síntese proteica; a partir dela partem os prolongamentos (dendritos e axônio) que fazem a célula se comunicar com outras.",
["Tecido Nervoso"]);
// ---------------------------------------------------------------------
// HISTOLOGIA — Epitélio simples pavimentoso
// ---------------------------------------------------------------------
const EP_PAV = "/histologia/epitelio-simples-pavimentoso.jpg";
add("histologia", EP_PAV, "epitelio-simples-pavimentoso", "Epitélio Simples Pavimentoso", "Simple Squamous Epithelium",
"Uma única camada de células achatadas (finas, largas), com núcleo também achatado — forma ideal pra difusão rápida de gases e líquidos. Reveste alvéolos pulmonares, cápsula de Bowman no rim, e forma o mesotélio e o endotélio dos vasos sanguíneos.",
["Tecido Epitelial"]);
add("histologia", EP_PAV, "nucleo-pavimentoso", "Núcleo da Célula Pavimentosa", "Squamous Cell Nucleus",
"Núcleo achatado, acompanhando o formato baixo e largo da própria célula — diferente do núcleo arredondado típico de células cúbicas ou colunares.",
["Tecido Epitelial"]);
// ---------------------------------------------------------------------
// HISTOLOGIA — Epitélio simples cuboidal (túbulos renais)
// ---------------------------------------------------------------------
const EP_CUB = "/histologia/epitelio-simples-cuboidal.jpg";
add("histologia", EP_CUB, "epitelio-simples-cuboidal", "Epitélio Simples Cuboidal", "Simple Cuboidal Epithelium",
"Uma única camada de células com altura e largura parecidas ('cúbicas'), núcleo arredondado e central. Reveste túbulos renais, folículos da tireoide e ductos de várias glândulas — funções de absorção e secreção.",
["Tecido Epitelial"]);
add("histologia", EP_CUB, "lumen-tubular-renal", "Luz do Túbulo Renal", "Renal Tubule Lumen",
"Espaço central e oco de cada túbulo, por onde passa o filtrado/urina em formação — delimitado ao redor por todo o anel de células cuboidais.",
["Tecido Epitelial"]);
// ---------------------------------------------------------------------
// HISTOLOGIA — Epitélio pseudoestratificado ciliado (traqueia)
// ---------------------------------------------------------------------
const EP_PSEUDO = "/histologia/epitelio-pseudoestratificado.jpg";
add("histologia", EP_PSEUDO, "epitelio-pseudoestratificado", "Epitélio Pseudoestratificado Ciliado", "Pseudostratified Ciliated Epithelium",
"Parece ter várias camadas (\"pseudo\"-estratificado), mas é uma ÚNICA camada de células — só que de alturas diferentes, com nem todas alcançando a superfície, o que dá essa falsa impressão. As células que chegam à superfície têm cílios, que varrem o muco (com partículas presas) pra fora das vias respiratórias.",
["Tecido Epitelial"]);
add("histologia", EP_PSEUDO, "lamina-propria-traqueia", "Lâmina Própria", "Lamina Propria",
"Camada de tecido conjuntivo logo abaixo do epitélio, dando sustentação e contendo vasos sanguíneos, glândulas mucosas e fibras elásticas.",
["Tecido Epitelial"]);
// ---------------------------------------------------------------------
// HISTOLOGIA — Tecido conjuntivo frouxo (areolar)
// ---------------------------------------------------------------------
const CONJ_FROUXO = "/histologia/tecido-conjuntivo-frouxo.jpg";
add("histologia", CONJ_FROUXO, "tecido-conjuntivo-frouxo", "Tecido Conjuntivo Frouxo (Areolar)", "Loose (Areolar) Connective Tissue",
"Tecido conjuntivo mais comum do corpo: poucas fibras (colágenas e elásticas), dispostas de forma solta e desorganizada numa matriz com bastante substância fundamental — preenche espaços entre órgãos e sob a pele, com boa flexibilidade e vascularização.",
["Tecido Conjuntivo"]);
add("histologia", CONJ_FROUXO, "fibroblasto-frouxo", "Fibroblasto", "Fibroblast",
"Célula mais numerosa do tecido conjuntivo, responsável por produzir e manter as fibras (colágeno, elastina) e a substância fundamental da matriz extracelular.",
["Tecido Conjuntivo"]);
// ---------------------------------------------------------------------
// HISTOLOGIA — Cartilagem elástica
// ---------------------------------------------------------------------
const CART_ELAST = "/histologia/cartilagem-elastica.jpg";
add("histologia", CART_ELAST, "cartilagem-elastica", "Cartilagem Elástica", "Elastic Cartilage",
"Tipo de cartilagem com uma densa rede de fibras ELÁSTICAS na matriz (além do colágeno), o que dá flexibilidade extra, voltando à forma original depois de dobrada — encontrada na orelha externa (pavilhão auricular) e na epiglote.",
["Tecido Cartilaginoso"]);
add("histologia", CART_ELAST, "condrocito-elastica", "Condrócito", "Chondrocyte",
"Célula madura da cartilagem, alojada numa lacuna dentro da matriz que ela mesma produziu e mantém — ao contrário do osso, a cartilagem não tem vasos sanguíneos, então os condrócitos dependem de difusão pra se nutrir.",
["Tecido Cartilaginoso"]);
// ---------------------------------------------------------------------
// HISTOLOGIA — Fibrocartilagem
// ---------------------------------------------------------------------
const FIBROCART = "/histologia/fibrocartilagem.jpg";
add("histologia", FIBROCART, "fibrocartilagem", "Fibrocartilagem", "Fibrocartilage",
"Tipo de cartilagem mais resistente à tração, com grossos feixes de colágeno tipo I visíveis na matriz (ao lado dos condrócitos) — diferente da hialina e da elástica, não tem pericôndrio. Encontrada nos discos intervertebrais e na sínfise púbica, onde precisa suportar bastante carga mecânica.",
["Tecido Cartilaginoso"]);
add("histologia", FIBROCART, "fibras-colagenas-fibrocartilagem", "Feixes de Colágeno", "Collagen Bundles",
"Feixes grossos e densos de colágeno tipo I, organizados em paralelo — dão à fibrocartilagem a resistência à tração que a hialina e a elástica não têm.",
["Tecido Cartilaginoso"]);
// ---------------------------------------------------------------------
// HISTOLOGIA — Esfregaço sanguíneo periférico
// ---------------------------------------------------------------------
const SANGUE = "/histologia/esfregaco-sanguineo.jpg";
add("histologia", SANGUE, "neutrofilo-esfregaco", "Neutrófilo", "Neutrophil",
"Leucócito mais comum do sangue, com núcleo polimorfonuclear (2 a 5 lóbulos) — primeira linha de defesa celular contra infecções bacterianas, fagocitando os micro-organismos.",
["Sangue"]);
add("histologia", SANGUE, "hemacias-esfregaco", "Hemácias", "Red Blood Cells",
"Células mais numerosas do esfregaço, sem núcleo, com uma área mais clara no centro (o reflexo do formato bicôncavo visto de cima) — transportam oxigênio ligado à hemoglobina.",
["Sangue"]);
add("histologia", SANGUE, "plaquetas-esfregaco", "Plaquetas", "Platelets",
"Fragmentos celulares pequenos (bem menores que uma hemácia), vistos como pontinhos escuros espalhados pelo esfregaço — essenciais pra coagulação sanguínea, se agregando no local de uma lesão vascular.",
["Sangue"]);
writeFileSync(
path.resolve(__dirname, "manifest-microscopy.json"),
JSON.stringify({ structures }, null, 2),
);
console.log(`manifest-microscopy.json gerado com ${structures.length} estruturas.`);