modelo 3d citologia

data-pipeline/seed/build-manifest-microscopy.mjs

@@ -1,24 +1,20 @@
-// Gera manifest-microscopy.json (sistemas "citologia" e "histologia").
+// Gera manifest-microscopy.json (sistema "histologia" — tecidos).
 //
-// MESMA DECISÃO já tomada pro tegumentar (ver build-manifest.mjs): não
-// existe malha 3D real e aberta derivada de microscopia (nem de célula,
-// nem de tecido histológico — confirmado pesquisando: Allen Institute for
-// Cell Science só distribui dado volumétrico bruto (OME-Zarr/TIFF), não
-// malha pronta; não existe um "Z-Anatomy da histologia" de código aberto).
-// Fabricar formas geométricas (esferas pra núcleo, cilindros pra
-// mitocôndria etc.) seria exatamente o "método não realístico" que se
-// queria evitar. Em vez disso: FOTOMICROGRAFIAS REAIS (não ilustrações),
-// de domínio público ou CC, com hotspots — mesmo padrão do tegumentar.
+// Citologia (a célula) NÃO usa mais este padrão: em vez de fotomicrografia
+// 2D, virou um modelo 3D real de verdade (segmentação FIB-SEM de uma
+// célula HeLa completa) — ver build-manifest-cell.mjs. Pra tecidos
+// histológicos propriamente ditos, porém, a mesma limitação do tegumentar
+// (ver build-manifest.mjs) continua valendo: não existe malha 3D real e
+// aberta de tecido histológico. Fabricar formas geométricas seria
+// exatamente o "método não realístico" a evitar — por isso aqui é
+// FOTOMICROGRAFIA REAL (não ilustração), de domínio público ou CC, com
+// hotspots, mesmo padrão do tegumentar.
 //
 // Curadoria das imagens (baixadas de commons.wikimedia.org, verificadas
 // visualmente uma a uma pra confirmar que são fotos reais e não diagramas/
 // ilustrações — vários candidatos populares como "Blausen ..." ou
 // "Typical human cell" foram DESCARTADOS por serem ilustrações, não fotos):
 //
-//   citologia/nucleo-celular-met.png
-//     Micrografia eletrônica de transmissão (MET) real de um núcleo
-//     celular. Domínio público. https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Micrograph_of_a_cell_nucleus.png
-//
 //   histologia/epitelio-simples-colunar.jpg
 //     Mucosa gástrica normal, H&E. Autor: Nephron. CC BY-SA 3.0.
 //     https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Normal_gastric_mucosa_intermed_mag.jpg
@@ -62,29 +58,16 @@ function add(system, image, slug, namePt, nameEn, description, region = []) {
     nameEn,
     synonyms: [],
     description,
-    regionPath: [system === "citologia" ? "Citologia" : "Histologia", ...region],
+    regionPath: ["Histologia", ...region],
     // Sem malha 3D — o caminho da fotomicrografia (servida como asset
     // estático do frontend, igual à imagem do tegumentar) fica direto no
     // campo modelFile; MicroscopyDiagram.tsx usa isso pra saber em qual
-        // imagem desenhar o hotspot de cada estrutura.
+    // imagem desenhar o hotspot de cada estrutura.
     modelFile: image,
     meshName: slug,
   });
 }
 
-// ---------------------------------------------------------------------
-// CITOLOGIA — núcleo celular (MET real)
-// ---------------------------------------------------------------------
-const CEL = "/citologia/nucleo-celular-met.png";
-add("citologia", CEL, "nucleo-citologia", "Núcleo Celular", "Cell Nucleus",
-  "Maior organela da célula eucariótica; guarda o DNA organizado em cromatina e comanda toda a síntese proteica ao transcrever RNA mensageiro.");
-add("citologia", CEL, "envoltorio-nuclear", "Envoltório Nuclear", "Nuclear Envelope",
-  "Dupla membrana que separa o núcleo do citoplasma, perfurada por poros nucleares que controlam a troca de moléculas (RNA sai, proteínas regulatórias entram) entre os dois compartimentos.");
-add("citologia", CEL, "cromatina", "Cromatina", "Chromatin",
-  "DNA associado a proteínas histonas, disperso no núcleo entre divisões celulares; as regiões mais condensadas (heterocromatina) aparecem mais escuras na micrografia.");
-add("citologia", CEL, "citoplasma-citologia", "Citoplasma", "Cytoplasm",
-  "Conteúdo celular entre a membrana plasmática e o envoltório nuclear — citosol mais as organelas (mitocôndrias, retículo, ribossomos) que sustentam o metabolismo da célula.");
-
 // ---------------------------------------------------------------------
 // HISTOLOGIA — Epitélio simples colunar (mucosa gástrica)
 // ---------------------------------------------------------------------