modelo 3d citologia

data-pipeline/seed/build-manifest-cell.mjs

@@ -0,0 +1,78 @@
+// Gera manifest-cell.json — as 5 organelas do sistema "citologia", com
+// malha 3D REAL (ao contrário de "histologia", que continua sendo
+// fotomicrografias 2D — ver build-manifest-microscopy.mjs).
+//
+// Fonte: célula HeLa (jrc_hela-2) reconstruída em 3D a partir de FIB-SEM
+// real e segmentada por machine learning pelo projeto CellMap/COSEM do
+// Janelia Research Campus (HHMI) — OpenOrganelle, CC BY 4.0.
+// https://openorganelle.janelia.org/ — DOI da coleção:
+// https://doi.org/10.25378/janelia.c.7456966
+// Extração das malhas: data-pipeline/scripts/fetch-cell-organelles.py
+// Simplificação/compressão final: data-pipeline/scripts/build-cell-model.mjs
+//
+// O nome de cada nó do citologia.glb (definido no script Python) é usado
+// aqui como "meshName" — sem simplificação de nome/exclusão como no
+// esquelético, já que são só 5 peças, cada uma com nome final único.
+import { writeFileSync } from "node:fs";
+import { fileURLToPath } from "node:url";
+import path from "node:path";
+
+const __dirname = path.dirname(fileURLToPath(import.meta.url));
+const MODEL_FILE = "citologia.glb";
+
+const CREDIT =
+  "Malha 3D real, segmentada por FIB-SEM (célula HeLa, jrc_hela-2) pelo projeto CellMap/Janelia Research Campus — OpenOrganelle, CC BY 4.0.";
+
+function structure(slug, namePt, nameEn, description) {
+  return {
+    system: "citologia",
+    slug,
+    namePt,
+    nameEn,
+    synonyms: [],
+    description: `${description} ${CREDIT}`,
+    regionPath: ["Citologia", "Célula (HeLa) — FIB-SEM real"],
+    modelFile: MODEL_FILE,
+    meshName: slug,
+  };
+}
+
+const structures = [
+  structure(
+    "celula-membrana-plasmatica",
+    "Membrana Plasmática",
+    "Plasma Membrane",
+    "Envoltório que delimita a célula, controlando a entrada e saída de substâncias; formada por uma bicamada fosfolipídica com proteínas de membrana.",
+  ),
+  structure(
+    "celula-nucleo",
+    "Núcleo",
+    "Nucleus",
+    "Organela que guarda o DNA da célula e comanda a síntese proteica; a forma irregular e volumosa vista aqui é real e típica de células HeLa (uma linhagem tumoral, com núcleo frequentemente atípico).",
+  ),
+  structure(
+    "celula-reticulo-endoplasmatico",
+    "Retículo Endoplasmático",
+    "Endoplasmic Reticulum",
+    "Rede de membranas contínua com o envoltório nuclear, espalhada por todo o citoplasma; participa da síntese de proteínas (porção rugosa) e lipídios, além do armazenamento de cálcio.",
+  ),
+  structure(
+    "celula-complexo-de-golgi",
+    "Complexo de Golgi",
+    "Golgi Apparatus",
+    "Conjunto de sáculos membranosos empilhados, tipicamente posicionado perto do núcleo (posição confirmada nesta reconstrução real); processa, modifica e empacota proteínas vindas do retículo endoplasmático.",
+  ),
+  structure(
+    "celula-mitocondrias",
+    "Mitocôndrias",
+    "Mitochondria",
+    "População completa de mitocôndrias segmentadas nesta célula — organelas responsáveis pela produção de ATP por respiração celular; note a variação real de tamanho e forma entre elas, incluindo fragmentação, comum em linhagens tumorais.",
+  ),
+];
+
+writeFileSync(
+  path.resolve(__dirname, "manifest-cell.json"),
+  JSON.stringify({ structures }, null, 2),
+);
+
+console.log(`manifest-cell.json gerado com ${structures.length} organelas.`);