modelo 3d citologia
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// Gera manifest-cell.json — as 5 organelas do sistema "citologia", com
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// malha 3D REAL (ao contrário de "histologia", que continua sendo
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// fotomicrografias 2D — ver build-manifest-microscopy.mjs).
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//
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// Fonte: célula HeLa (jrc_hela-2) reconstruída em 3D a partir de FIB-SEM
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// real e segmentada por machine learning pelo projeto CellMap/COSEM do
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// Janelia Research Campus (HHMI) — OpenOrganelle, CC BY 4.0.
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// https://openorganelle.janelia.org/ — DOI da coleção:
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// https://doi.org/10.25378/janelia.c.7456966
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// Extração das malhas: data-pipeline/scripts/fetch-cell-organelles.py
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// Simplificação/compressão final: data-pipeline/scripts/build-cell-model.mjs
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//
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// O nome de cada nó do citologia.glb (definido no script Python) é usado
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// aqui como "meshName" — sem simplificação de nome/exclusão como no
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// esquelético, já que são só 5 peças, cada uma com nome final único.
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import { writeFileSync } from "node:fs";
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import { fileURLToPath } from "node:url";
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import path from "node:path";
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const __dirname = path.dirname(fileURLToPath(import.meta.url));
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const MODEL_FILE = "citologia.glb";
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const CREDIT =
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"Malha 3D real, segmentada por FIB-SEM (célula HeLa, jrc_hela-2) pelo projeto CellMap/Janelia Research Campus — OpenOrganelle, CC BY 4.0.";
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function structure(slug, namePt, nameEn, description) {
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return {
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system: "citologia",
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slug,
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namePt,
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nameEn,
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synonyms: [],
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description: `${description} ${CREDIT}`,
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regionPath: ["Citologia", "Célula (HeLa) — FIB-SEM real"],
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modelFile: MODEL_FILE,
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meshName: slug,
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};
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}
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const structures = [
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structure(
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"celula-membrana-plasmatica",
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"Membrana Plasmática",
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"Plasma Membrane",
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"Envoltório que delimita a célula, controlando a entrada e saída de substâncias; formada por uma bicamada fosfolipídica com proteínas de membrana.",
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),
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structure(
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"celula-nucleo",
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"Núcleo",
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"Nucleus",
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"Organela que guarda o DNA da célula e comanda a síntese proteica; a forma irregular e volumosa vista aqui é real e típica de células HeLa (uma linhagem tumoral, com núcleo frequentemente atípico).",
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),
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structure(
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"celula-reticulo-endoplasmatico",
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"Retículo Endoplasmático",
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"Endoplasmic Reticulum",
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"Rede de membranas contínua com o envoltório nuclear, espalhada por todo o citoplasma; participa da síntese de proteínas (porção rugosa) e lipídios, além do armazenamento de cálcio.",
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),
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structure(
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"celula-complexo-de-golgi",
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"Complexo de Golgi",
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"Golgi Apparatus",
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"Conjunto de sáculos membranosos empilhados, tipicamente posicionado perto do núcleo (posição confirmada nesta reconstrução real); processa, modifica e empacota proteínas vindas do retículo endoplasmático.",
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||||
),
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||||
structure(
|
||||
"celula-mitocondrias",
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||||
"Mitocôndrias",
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||||
"Mitochondria",
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||||
"População completa de mitocôndrias segmentadas nesta célula — organelas responsáveis pela produção de ATP por respiração celular; note a variação real de tamanho e forma entre elas, incluindo fragmentação, comum em linhagens tumorais.",
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),
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];
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writeFileSync(
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path.resolve(__dirname, "manifest-cell.json"),
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JSON.stringify({ structures }, null, 2),
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);
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console.log(`manifest-cell.json gerado com ${structures.length} organelas.`);
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@@ -1,24 +1,20 @@
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// Gera manifest-microscopy.json (sistemas "citologia" e "histologia").
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// Gera manifest-microscopy.json (sistema "histologia" — tecidos).
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//
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// MESMA DECISÃO já tomada pro tegumentar (ver build-manifest.mjs): não
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// existe malha 3D real e aberta derivada de microscopia (nem de célula,
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// nem de tecido histológico — confirmado pesquisando: Allen Institute for
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// Cell Science só distribui dado volumétrico bruto (OME-Zarr/TIFF), não
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// malha pronta; não existe um "Z-Anatomy da histologia" de código aberto).
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// Fabricar formas geométricas (esferas pra núcleo, cilindros pra
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// mitocôndria etc.) seria exatamente o "método não realístico" que se
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// queria evitar. Em vez disso: FOTOMICROGRAFIAS REAIS (não ilustrações),
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// de domínio público ou CC, com hotspots — mesmo padrão do tegumentar.
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// Citologia (a célula) NÃO usa mais este padrão: em vez de fotomicrografia
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// 2D, virou um modelo 3D real de verdade (segmentação FIB-SEM de uma
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// célula HeLa completa) — ver build-manifest-cell.mjs. Pra tecidos
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// histológicos propriamente ditos, porém, a mesma limitação do tegumentar
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// (ver build-manifest.mjs) continua valendo: não existe malha 3D real e
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// aberta de tecido histológico. Fabricar formas geométricas seria
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||||
// exatamente o "método não realístico" a evitar — por isso aqui é
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// FOTOMICROGRAFIA REAL (não ilustração), de domínio público ou CC, com
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||||
// hotspots, mesmo padrão do tegumentar.
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//
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// Curadoria das imagens (baixadas de commons.wikimedia.org, verificadas
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// visualmente uma a uma pra confirmar que são fotos reais e não diagramas/
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// ilustrações — vários candidatos populares como "Blausen ..." ou
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||||
// "Typical human cell" foram DESCARTADOS por serem ilustrações, não fotos):
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//
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// citologia/nucleo-celular-met.png
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// Micrografia eletrônica de transmissão (MET) real de um núcleo
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// celular. Domínio público. https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Micrograph_of_a_cell_nucleus.png
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//
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// histologia/epitelio-simples-colunar.jpg
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||||
// Mucosa gástrica normal, H&E. Autor: Nephron. CC BY-SA 3.0.
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||||
// https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Normal_gastric_mucosa_intermed_mag.jpg
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@@ -62,29 +58,16 @@ function add(system, image, slug, namePt, nameEn, description, region = []) {
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||||
nameEn,
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synonyms: [],
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||||
description,
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||||
regionPath: [system === "citologia" ? "Citologia" : "Histologia", ...region],
|
||||
regionPath: ["Histologia", ...region],
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// Sem malha 3D — o caminho da fotomicrografia (servida como asset
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// estático do frontend, igual à imagem do tegumentar) fica direto no
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// campo modelFile; MicroscopyDiagram.tsx usa isso pra saber em qual
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// imagem desenhar o hotspot de cada estrutura.
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||||
// imagem desenhar o hotspot de cada estrutura.
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modelFile: image,
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meshName: slug,
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});
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||||
}
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// ---------------------------------------------------------------------
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// CITOLOGIA — núcleo celular (MET real)
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// ---------------------------------------------------------------------
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const CEL = "/citologia/nucleo-celular-met.png";
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||||
add("citologia", CEL, "nucleo-citologia", "Núcleo Celular", "Cell Nucleus",
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"Maior organela da célula eucariótica; guarda o DNA organizado em cromatina e comanda toda a síntese proteica ao transcrever RNA mensageiro.");
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||||
add("citologia", CEL, "envoltorio-nuclear", "Envoltório Nuclear", "Nuclear Envelope",
|
||||
"Dupla membrana que separa o núcleo do citoplasma, perfurada por poros nucleares que controlam a troca de moléculas (RNA sai, proteínas regulatórias entram) entre os dois compartimentos.");
|
||||
add("citologia", CEL, "cromatina", "Cromatina", "Chromatin",
|
||||
"DNA associado a proteínas histonas, disperso no núcleo entre divisões celulares; as regiões mais condensadas (heterocromatina) aparecem mais escuras na micrografia.");
|
||||
add("citologia", CEL, "citoplasma-citologia", "Citoplasma", "Cytoplasm",
|
||||
"Conteúdo celular entre a membrana plasmática e o envoltório nuclear — citosol mais as organelas (mitocôndrias, retículo, ribossomos) que sustentam o metabolismo da célula.");
|
||||
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// ---------------------------------------------------------------------
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||||
// HISTOLOGIA — Epitélio simples colunar (mucosa gástrica)
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// ---------------------------------------------------------------------
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@@ -13,10 +13,11 @@ export const SYSTEMS = [
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{ slug: "tegumentar", namePt: "Sistema Tegumentar", nameEn: "Integumentary System", colorHex: "#e0a96d", order: 9 },
|
||||
{ slug: "regioes", namePt: "Regiões Anatômicas do Corpo", nameEn: "Body Regions", colorHex: "#f472b6", order: 10 },
|
||||
{ slug: "referencias", namePt: "Planos e Linhas de Referência", nameEn: "Reference Planes and Lines", colorHex: "#a3e635", order: 11 },
|
||||
// Citologia/Histologia: sem malha 3D (mesma situação do tegumentar — não
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// existe dataset aberto de malha 3D real derivada de microscopia pra
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// célula/tecidos), então usam o mesmo padrão de diagrama 2D com hotspots
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// sobre fotomicrografias REAIS (não ilustrações) — ver MicroscopyDiagram.tsx.
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// Citologia: malha 3D REAL (segmentação FIB-SEM de uma célula HeLa
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// inteira, Janelia OpenOrganelle/CellMap) — ver build-manifest-cell.mjs.
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// Histologia: sem malha 3D (não existe dataset aberto de malha 3D real
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// de tecido histológico), usa fotomicrografias REAIS 2D com hotspots
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||||
// — ver build-manifest-microscopy.mjs e MicroscopyDiagram.tsx.
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||||
{ slug: "citologia", namePt: "Citologia (A Célula)", nameEn: "Cytology (The Cell)", colorHex: "#22d3ee", order: 12 },
|
||||
{ slug: "histologia", namePt: "Histologia (Tecidos)", nameEn: "Histology (Tissues)", colorHex: "#fb923c", order: 13 },
|
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];
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