modelo 3d citologia

data-pipeline/scripts/build-cell-model.mjs

@@ -0,0 +1,56 @@
+// Lê citologia-raw.glb (gerado por fetch-cell-organelles.py a partir de
+// dados REAIS de FIB-SEM do Janelia OpenOrganelle/CellMap — ver aquele
+// script para a curadoria completa e a licença CC BY 4.0), simplifica e
+// comprime com o MESMO recipe já usado pras malhas do Z-Anatomy em
+// extract-manifest.mjs, e salva o resultado final em seed/models/citologia.glb.
+//
+// Diferente do Z-Anatomy, aqui não precisamos marcar nós excluídos nem
+// resolver nomes duplicados — o .glb de entrada já tem exatamente 5 nós,
+// um por organela, com o nome final (ex: "celula-nucleo") definido no
+// próprio script Python. weld/simplify/dedup/meshopt só afetam a
+// geometria, não o nome dos nós, então o "meshName" no manifesto
+// (build-manifest-cell.mjs) pode confiar que bate exatamente com isso.
+import { NodeIO } from "@gltf-transform/core";
+import { ALL_EXTENSIONS } from "@gltf-transform/extensions";
+import { prune, dedup, weld, simplify, meshopt } from "@gltf-transform/functions";
+import { MeshoptSimplifier, MeshoptEncoder } from "meshoptimizer";
+import path from "node:path";
+import { fileURLToPath } from "node:url";
+import { mkdirSync } from "node:fs";
+
+await MeshoptSimplifier.ready;
+await MeshoptEncoder.ready;
+
+const __dirname = path.dirname(fileURLToPath(import.meta.url));
+const IN_PATH = path.resolve(__dirname, "../converted/citologia/citologia-raw.glb");
+const OUT_DIR = path.resolve(__dirname, "../seed/models");
+mkdirSync(OUT_DIR, { recursive: true });
+
+const io = new NodeIO()
+  .registerExtensions(ALL_EXTENSIONS)
+  .registerDependencies({ "meshopt.encoder": MeshoptEncoder });
+
+console.log(`Lendo ${IN_PATH}...`);
+const doc = await io.read(IN_PATH);
+
+const meshNames = doc
+  .getRoot()
+  .listNodes()
+  .map((n) => n.getName())
+  .filter(Boolean);
+console.log(`Organelas encontradas: ${meshNames.join(", ")}`);
+
+await doc.transform(
+  weld(),
+  // As organelas maiores (membrana, RE) chegam com bem mais geometria do
+  // que o necessário pra estudo interativo — mesmo ratio conservador já
+  // usado no resto do atlas.
+  simplify({ simplifier: MeshoptSimplifier, ratio: 0.5, error: 0.01 }),
+  prune(),
+  dedup(),
+  meshopt({ encoder: MeshoptEncoder, level: "medium" }),
+);
+
+const outPath = path.join(OUT_DIR, "citologia.glb");
+await io.write(outPath, doc);
+console.log(`✓ ${outPath} salvo.`);