modelo 3d citologia

data-pipeline/Dockerfile

@@ -3,8 +3,17 @@
 # Alpine essa dependência é bem mais dolorosa de resolver.
 FROM node:20-bookworm
 RUN apt-get update \
- && apt-get install -y --no-install-recommends assimp-utils ca-certificates \
+ && apt-get install -y --no-install-recommends assimp-utils ca-certificates python3 python3-venv \
  && rm -rf /var/lib/apt/lists/*
+
+# Ambiente Python isolado só pra buscar as organelas reais da célula
+# (fetch-cell-organelles.py) — cloud-volume/trimesh não têm nada a ver com
+# o resto do pipeline (100% Node/glTF-transform), então ficam num venv
+# próprio em vez de poluir o Python do sistema.
+RUN python3 -m venv /opt/venv-cell \
+ && /opt/venv-cell/bin/pip install --no-cache-dir --upgrade pip \
+ && /opt/venv-cell/bin/pip install --no-cache-dir cloud-volume trimesh
+
 WORKDIR /app
 COPY package.json ./
 RUN npm install