// Gera manifest-microscopy.json (sistemas "citologia" e "histologia").
//
// MESMA DECISÃO já tomada pro tegumentar (ver build-manifest.mjs): não
// existe malha 3D real e aberta derivada de microscopia (nem de célula,
// nem de tecido histológico — confirmado pesquisando: Allen Institute for
// Cell Science só distribui dado volumétrico bruto (OME-Zarr/TIFF), não
// malha pronta; não existe um "Z-Anatomy da histologia" de código aberto).
// Fabricar formas geométricas (esferas pra núcleo, cilindros pra
// mitocôndria etc.) seria exatamente o "método não realístico" que se
// queria evitar. Em vez disso: FOTOMICROGRAFIAS REAIS (não ilustrações),
// de domínio público ou CC, com hotspots — mesmo padrão do tegumentar.
//
// Curadoria das imagens (baixadas de commons.wikimedia.org, verificadas
// visualmente uma a uma pra confirmar que são fotos reais e não diagramas/
// ilustrações — vários candidatos populares como "Blausen ..." ou
// "Typical human cell" foram DESCARTADOS por serem ilustrações, não fotos):
//
//   citologia/nucleo-celular-met.png
//     Micrografia eletrônica de transmissão (MET) real de um núcleo
//     celular. Domínio público. https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Micrograph_of_a_cell_nucleus.png
//
//   histologia/epitelio-simples-colunar.jpg
//     Mucosa gástrica normal, H&E. Autor: Nephron. CC BY-SA 3.0.
//     https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Normal_gastric_mucosa_intermed_mag.jpg
//   histologia/epitelio-estratificado-pavimentoso.jpg
//     Biópsia normal, H&E. Autor: Samir@enwiki. CC BY-SA 3.0.
//     https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Tinci%C3%B3n_hematoxilina-eosina.jpg
//   histologia/tecido-adiposo.jpg
//     Tecido adiposo em corte de parafina (lipídios dissolvidos no
//     processamento, por isso os adipócitos aparecem "vazios"). CC BY-SA 3.0.
//     https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Yellow_adipose_tissue_in_paraffin_section_-_lipids_washed_out.jpg
//   histologia/cartilagem-hialina.jpg
//     Zonas da cartilagem articular (Bautista et al.). CC0.
//     https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Histology_of_articular_cartilage_zones.jpg
//   histologia/osso-compacto.jpg
//     Osso desgastado (ground section), sistemas de Havers. Autor:
//     Athikhun.suw. CC BY-SA 4.0.
//     https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Compact_bone_histology_2014.jpg
//   histologia/tecido-muscular.jpg
//     Comparação real dos 3 tipos de músculo (esquelético/liso/cardíaco),
//     OpenStax College. CC BY 4.0.
//     https://commons.wikimedia.org/wiki/File:414_Skeletal_Smooth_Cardiac.jpg
//   histologia/tecido-nervoso.jpg
//     Medula espinhal de coelho. Autor: John Alan Elson. CC BY-SA 4.0.
//     https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Rabbitspinalcord100x1.jpg
//
// As posições dos hotspots (x/y em % de cada imagem) ficam em
// frontend/src/data/microscopyHotspots.ts — só apresentação, como no
// tegumentar. Este arquivo só gera os DADOS da estrutura (nome, descrição).
import { writeFileSync } from "node:fs";
import { fileURLToPath } from "node:url";
import path from "node:path";

const __dirname = path.dirname(fileURLToPath(import.meta.url));
const structures = [];

function add(system, image, slug, namePt, nameEn, description, region = []) {
  structures.push({
    system,
    slug,
    namePt,
    nameEn,
    synonyms: [],
    description,
    regionPath: [system === "citologia" ? "Citologia" : "Histologia", ...region],
    // Sem malha 3D — o caminho da fotomicrografia (servida como asset
    // estático do frontend, igual à imagem do tegumentar) fica direto no
    // campo modelFile; MicroscopyDiagram.tsx usa isso pra saber em qual
        // imagem desenhar o hotspot de cada estrutura.
    modelFile: image,
    meshName: slug,
  });
}

// ---------------------------------------------------------------------
// CITOLOGIA — núcleo celular (MET real)
// ---------------------------------------------------------------------
const CEL = "/citologia/nucleo-celular-met.png";
add("citologia", CEL, "nucleo-citologia", "Núcleo Celular", "Cell Nucleus",
  "Maior organela da célula eucariótica; guarda o DNA organizado em cromatina e comanda toda a síntese proteica ao transcrever RNA mensageiro.");
add("citologia", CEL, "envoltorio-nuclear", "Envoltório Nuclear", "Nuclear Envelope",
  "Dupla membrana que separa o núcleo do citoplasma, perfurada por poros nucleares que controlam a troca de moléculas (RNA sai, proteínas regulatórias entram) entre os dois compartimentos.");
add("citologia", CEL, "cromatina", "Cromatina", "Chromatin",
  "DNA associado a proteínas histonas, disperso no núcleo entre divisões celulares; as regiões mais condensadas (heterocromatina) aparecem mais escuras na micrografia.");
add("citologia", CEL, "citoplasma-citologia", "Citoplasma", "Cytoplasm",
  "Conteúdo celular entre a membrana plasmática e o envoltório nuclear — citosol mais as organelas (mitocôndrias, retículo, ribossomos) que sustentam o metabolismo da célula.");

// ---------------------------------------------------------------------
// HISTOLOGIA — Epitélio simples colunar (mucosa gástrica)
// ---------------------------------------------------------------------
const EP1 = "/histologia/epitelio-simples-colunar.jpg";
add("histologia", EP1, "epitelio-superficie-gastrico", "Epitélio Colunar de Superfície", "Surface Columnar Epithelium",
  "Epitélio simples colunar que reveste a superfície do estômago; suas células produzem muco alcalino que protege a mucosa do próprio suco gástrico ácido.",
  ["Tecido Epitelial"]);
add("histologia", EP1, "fovéola-gastrica", "Fovéola (Fosseta) Gástrica", "Gastric Pit",
  "Invaginação do epitélio de superfície para dentro da mucosa, por onde as glândulas gástricas desembocam seu conteúdo (ácido, enzimas, muco) na luz do estômago.",
  ["Tecido Epitelial"]);
add("histologia", EP1, "glandulas-gastricas", "Glândulas Gástricas", "Gastric Glands",
  "Glândulas tubulares na lâmina própria, abaixo das fovéolas, formadas por células especializadas (parietais, principais, mucosas) que produzem os componentes do suco gástrico.",
  ["Tecido Epitelial"]);
add("histologia", EP1, "lamina-propria-gastrica", "Lâmina Própria", "Lamina Propria",
  "Tecido conjuntivo frouxo vascularizado que sustenta o epitélio e suas glândulas, presente sob todo epitélio de revestimento das mucosas do corpo.",
  ["Tecido Conjuntivo"]);

// ---------------------------------------------------------------------
// HISTOLOGIA — Epitélio estratificado pavimentoso
// ---------------------------------------------------------------------
const EP2 = "/histologia/epitelio-estratificado-pavimentoso.jpg";
add("histologia", EP2, "camada-basal-epitelio", "Camada Basal", "Basal Layer",
  "Camada mais profunda do epitélio estratificado, apoiada na membrana basal; suas células cuboides se dividem continuamente para repor as camadas superiores que se descamam.",
  ["Tecido Epitelial"]);
add("histologia", EP2, "camadas-intermediarias-epitelio", "Camadas Intermediárias", "Intermediate Layers",
  "Células poligonais em maturação, entre a camada basal e a superficial, ficando progressivamente mais achatadas à medida que se aproximam da superfície.",
  ["Tecido Epitelial"]);
add("histologia", EP2, "camada-superficial-epitelio", "Camada Superficial", "Superficial Layer",
  "Camada mais externa, de células achatadas (pavimentosas); em mucosas úmidas (como esta) as células permanecem vivas e nucleadas, ao contrário da pele, onde se queratinizam e morrem.",
  ["Tecido Epitelial"]);
add("histologia", EP2, "membrana-basal-epitelio", "Membrana Basal", "Basement Membrane",
  "Lâmina de matriz extracelular que ancora o epitélio ao tecido conjuntivo subjacente, servindo de suporte estrutural e filtro seletivo entre os dois tecidos.",
  ["Tecido Epitelial"]);

// ---------------------------------------------------------------------
// HISTOLOGIA — Tecido adiposo (conjuntivo especializado)
// ---------------------------------------------------------------------
const ADI = "/histologia/tecido-adiposo.jpg";
add("histologia", ADI, "adipocito", "Adipócito", "Adipocyte",
  "Célula de tecido adiposo unilocular, especializada em armazenar gordura numa única grande gotícula lipídica; no preparo histológico de rotina o lipídio se dissolve, deixando a célula com aspecto de \"anel de sinete\" vazio.",
  ["Tecido Conjuntivo"]);
add("histologia", ADI, "nucleo-adipocito", "Núcleo do Adipócito", "Adipocyte Nucleus",
  "Núcleo achatado, empurrado para a periferia da célula pela enorme gotícula de gordura que ocupa quase todo o citoplasma.",
  ["Tecido Conjuntivo"]);
add("histologia", ADI, "septo-conjuntivo-adiposo", "Septo de Tecido Conjuntivo", "Connective Tissue Septum",
  "Fina faixa de tecido conjuntivo (com fibras colágenas e vasos sanguíneos) que separa os lóbulos de adipócitos entre si.",
  ["Tecido Conjuntivo"]);

// ---------------------------------------------------------------------
// HISTOLOGIA — Cartilagem hialina (zonas da cartilagem articular)
// ---------------------------------------------------------------------
const CART = "/histologia/cartilagem-hialina.jpg";
add("histologia", CART, "zona-superficial-cartilagem", "Zona Superficial", "Superficial Zone",
  "Camada mais externa da cartilagem articular, com condrócitos achatados e fibras colágenas dispostas paralelamente à superfície — a orientação que melhor resiste às forças de cisalhamento do atrito articular.",
  ["Cartilagem"]);
add("histologia", CART, "zona-intermediaria-cartilagem", "Zona Intermediária (Média)", "Middle Zone",
  "Zona de transição com condrócitos arredondados dispersos aleatoriamente numa matriz mais espessa, entre a organização paralela da superfície e a colunar da zona profunda.",
  ["Cartilagem"]);
add("histologia", CART, "zona-profunda-cartilagem", "Zona Profunda", "Deep Zone",
  "Condrócitos organizados em colunas perpendiculares à superfície articular, produzindo a matriz mais rica em proteoglicanos — a arquitetura que melhor resiste às forças de compressão.",
  ["Cartilagem"]);
add("histologia", CART, "condrocito", "Condrócito", "Chondrocyte",
  "Célula madura da cartilagem, alojada numa lacuna dentro da matriz que ela mesma secretou (colágeno tipo II + proteoglicanos); ao contrário do osso, a cartilagem não tem vasos sanguíneos — o condrócito se nutre só por difusão.",
  ["Cartilagem"]);

// ---------------------------------------------------------------------
// HISTOLOGIA — Osso compacto (sistemas de Havers)
// ---------------------------------------------------------------------
const OSSO = "/histologia/osso-compacto.jpg";
add("histologia", OSSO, "sistema-de-havers", "Sistema de Havers (Ósteon)", "Haversian System (Osteon)",
  "Unidade estrutural cilíndrica do osso compacto — lamelas concêntricas de matriz óssea calcificada organizadas ao redor de um canal central com vasos sanguíneos e nervos.",
  ["Tecido Ósseo"]);
add("histologia", OSSO, "lacuna-osteocito", "Lacuna e Osteócito", "Lacuna and Osteocyte",
  "Pequena cavidade na matriz óssea calcificada onde vive o osteócito, a célula óssea madura — presa na própria matriz que ajudou a formar quando ainda era um osteoblasto.",
  ["Tecido Ósseo"]);
add("histologia", OSSO, "canaliculos-osseos", "Canalículos Ósseos", "Bone Canaliculi",
  "Canais microscópicos que conectam lacunas vizinhas entre si e ao canal central, permitindo que os osteócitos troquem nutrientes e sinais através de prolongamentos citoplasmáticos, mesmo enclausurados na matriz dura.",
  ["Tecido Ósseo"]);
add("histologia", OSSO, "canal-de-volkmann", "Canal de Volkmann", "Volkmann's Canal",
  "Canal transversal/oblíquo que conecta os canais de Havers entre si e à superfície do osso, completando a rede vascular que nutre o tecido ósseo compacto.",
  ["Tecido Ósseo"]);

// ---------------------------------------------------------------------
// HISTOLOGIA — Tecido muscular (esquelético, liso e cardíaco lado a lado)
// ---------------------------------------------------------------------
const MUSC = "/histologia/tecido-muscular.jpg";
add("histologia", MUSC, "musculo-esqueletico-histologia", "Músculo Esquelético (Estriado)", "Skeletal (Striated) Muscle",
  "Fibras longas, cilíndricas e multinucleadas (núcleos na periferia da célula), com estriações transversais bem visíveis; contração voluntária e rápida.",
  ["Tecido Muscular"]);
add("histologia", MUSC, "musculo-liso-histologia", "Músculo Liso", "Smooth Muscle",
  "Células fusiformes (afiladas nas pontas), mononucleadas, sem estriações visíveis; contração involuntária e lenta, encontrado nas paredes de vísceras e vasos.",
  ["Tecido Muscular"]);
add("histologia", MUSC, "musculo-cardiaco-histologia", "Músculo Cardíaco", "Cardiac Muscle",
  "Fibras estriadas, geralmente com um único núcleo central, que se ramificam e se conectam a fibras vizinhas por discos intercalares — a base estrutural da contração involuntária e sincronizada do coração.",
  ["Tecido Muscular"]);

// ---------------------------------------------------------------------
// HISTOLOGIA — Tecido nervoso (medula espinhal)
// ---------------------------------------------------------------------
const NERV = "/histologia/tecido-nervoso.jpg";
add("histologia", NERV, "substancia-branca-histologia", "Substância Branca", "White Matter",
  "Região formada principalmente por axônios mielinizados (a bainha de mielina, rica em lipídios, é o que dá a cor clara/pálida); conduz os impulsos entre diferentes níveis do sistema nervoso.",
  ["Tecido Nervoso"]);
add("histologia", NERV, "substancia-cinzenta-histologia", "Substância Cinzenta", "Gray Matter",
  "Região rica em corpos celulares de neurônios, dendritos e sinapses (sem a mielina que clareia a substância branca); é aqui que ocorre o processamento e a integração dos sinais nervosos.",
  ["Tecido Nervoso"]);
add("histologia", NERV, "corpo-neuronal-histologia", "Corpo do Neurônio (Soma)", "Neuron Cell Body",
  "Região do neurônio que contém o núcleo e a maquinaria de síntese proteica; a partir dela partem os prolongamentos (dendritos e axônio) que fazem a célula se comunicar com outras.",
  ["Tecido Nervoso"]);

writeFileSync(
  path.resolve(__dirname, "manifest-microscopy.json"),
  JSON.stringify({ structures }, null, 2),
);

console.log(`manifest-microscopy.json gerado com ${structures.length} estruturas.`);