// Gera manifest-cell.json — as organelas do sistema "citologia".
//
// Chegamos a integrar uma malha 3D REAL (segmentação FIB-SEM de uma célula
// HeLa completa, Janelia OpenOrganelle/CellMap, CC BY 4.0), mas o
// resultado visual atrapalhava mais do que ajudava pra estudar: a
// membrana real de uma célula aderente em cultura é achatada e irregular
// (não a "bolinha" clássica de diagrama didático) e cobria as organelas
// de dentro. A pedido do usuário, citologia agora é um modelo 3D
// ILUSTRATIVO — sem malha (modelFile "n/a", mesmo padrão do tegumentar),
// renderizado com primitivas do Three.js em
// frontend/src/components/CellDiagram3D.tsx (mesmo princípio do boneco
// esquemático de Planos Anatômicos, ver Mannequin.tsx).
import { writeFileSync } from "node:fs";
import { fileURLToPath } from "node:url";
import path from "node:path";

const __dirname = path.dirname(fileURLToPath(import.meta.url));

function structure(slug, namePt, nameEn, description) {
  return {
    system: "citologia",
    slug,
    namePt,
    nameEn,
    synonyms: [],
    description,
    regionPath: ["Citologia", "Célula (modelo ilustrativo)"],
    modelFile: "n/a",
    meshName: slug,
  };
}

const structures = [
  structure(
    "celula-membrana-plasmatica",
    "Membrana Plasmática",
    "Plasma Membrane",
    "Envoltório que delimita a célula, controlando a entrada e saída de substâncias; formada por uma bicamada fosfolipídica com proteínas de membrana.",
  ),
  structure(
    "celula-nucleo",
    "Núcleo",
    "Nucleus",
    "Organela que guarda o DNA da célula, organizado em cromatina, e comanda a síntese proteica ao transcrever RNA mensageiro; delimitado por um envoltório com poros nucleares.",
  ),
  structure(
    "celula-nucleolo",
    "Nucléolo",
    "Nucleolus",
    "Região densa dentro do núcleo, sem membrana própria, onde o RNA ribossômico é transcrito e as subunidades do ribossomo começam a ser montadas.",
  ),
  structure(
    "celula-reticulo-rugoso",
    "Retículo Endoplasmático Rugoso",
    "Rough Endoplasmic Reticulum",
    "Rede de membranas contínua com o envoltório nuclear, coberta de ribossomos (daí o aspecto \"rugoso\"); sintetiza e processa proteínas destinadas à secreção, à membrana ou a outras organelas.",
  ),
  structure(
    "celula-reticulo-liso",
    "Retículo Endoplasmático Liso",
    "Smooth Endoplasmic Reticulum",
    "Extensão do retículo endoplasmático sem ribossomos na superfície; sintetiza lipídios e esteroides, e participa da desintoxicação de substâncias e do armazenamento de cálcio.",
  ),
  structure(
    "celula-golgi",
    "Complexo de Golgi",
    "Golgi Apparatus",
    "Conjunto de sáculos membranosos empilhados, tipicamente próximo ao núcleo; processa, modifica (ex: glicosilação) e empacota proteínas vindas do retículo endoplasmático, endereçando-as ao destino final.",
  ),
  structure(
    "celula-mitocondrias",
    "Mitocôndrias",
    "Mitochondria",
    "Organelas de dupla membrana responsáveis pela produção de ATP por respiração celular — a \"usina de energia\" da célula; têm DNA próprio e se multiplicam por divisão.",
  ),
  structure(
    "celula-ribossomos",
    "Ribossomos",
    "Ribosomes",
    "Complexos de RNA ribossômico e proteínas que traduzem RNA mensageiro em proteínas; podem estar livres no citosol ou aderidos ao retículo endoplasmático rugoso.",
  ),
  structure(
    "celula-lisossomos",
    "Lisossomos",
    "Lysosomes",
    "Vesículas com enzimas digestivas (hidrolases ácidas) que degradam material vindo de dentro ou de fora da célula — o \"sistema de reciclagem e digestão\" celular.",
  ),
];

writeFileSync(
  path.resolve(__dirname, "manifest-cell.json"),
  JSON.stringify({ structures }, null, 2),
);

console.log(`manifest-cell.json gerado com ${structures.length} organelas.`);