citologia e histologia
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Rodrigo Bertoldo de Sousa Martins committed
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commit
65a4fdea9e
17 files changed
+431
-7
No files matched your search
@@ -8,9 +8,10 @@
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"convert:models": "node scripts/convert-fbx.mjs",
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"extract:manifest": "node scripts/extract-manifest.mjs",
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"build:tegumentar": "node seed/build-manifest.mjs",
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"build:microscopy": "node seed/build-manifest-microscopy.mjs",
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"merge:manifest": "node scripts/merge-manifests.mjs",
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"seed:db": "node scripts/seed-db.mjs",
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"run:all": "npm run fetch:models && npm run convert:models && npm run extract:manifest && npm run build:tegumentar && npm run merge:manifest && npm run seed:db"
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||||
"run:all": "npm run fetch:models && npm run convert:models && npm run extract:manifest && npm run build:tegumentar && npm run build:microscopy && npm run merge:manifest && npm run seed:db"
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},
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"dependencies": {
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"@gltf-transform/core": "^4.0.4",
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@@ -7,12 +7,13 @@ const SEED_DIR = path.resolve(__dirname, "../seed");
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const real = JSON.parse(readFileSync(path.join(SEED_DIR, "manifest-real.json"), "utf-8"));
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||||
const tegumentar = JSON.parse(readFileSync(path.join(SEED_DIR, "manifest-tegumentar.json"), "utf-8"));
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||||
const microscopy = JSON.parse(readFileSync(path.join(SEED_DIR, "manifest-microscopy.json"), "utf-8"));
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const structures = [...real.structures, ...tegumentar.structures];
|
||||
const structures = [...real.structures, ...tegumentar.structures, ...microscopy.structures];
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writeFileSync(
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path.join(SEED_DIR, "manifest.json"),
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JSON.stringify({ structures }, null, 2),
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);
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console.log(`manifest.json final: ${structures.length} estruturas (${real.structures.length} reais + ${tegumentar.structures.length} tegumentar).`);
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console.log(`manifest.json final: ${structures.length} estruturas (${real.structures.length} reais + ${tegumentar.structures.length} tegumentar + ${microscopy.structures.length} citologia/histologia).`);
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@@ -0,0 +1,203 @@
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||||
// Gera manifest-microscopy.json (sistemas "citologia" e "histologia").
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//
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// MESMA DECISÃO já tomada pro tegumentar (ver build-manifest.mjs): não
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// existe malha 3D real e aberta derivada de microscopia (nem de célula,
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// nem de tecido histológico — confirmado pesquisando: Allen Institute for
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// Cell Science só distribui dado volumétrico bruto (OME-Zarr/TIFF), não
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// malha pronta; não existe um "Z-Anatomy da histologia" de código aberto).
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// Fabricar formas geométricas (esferas pra núcleo, cilindros pra
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// mitocôndria etc.) seria exatamente o "método não realístico" que se
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// queria evitar. Em vez disso: FOTOMICROGRAFIAS REAIS (não ilustrações),
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// de domínio público ou CC, com hotspots — mesmo padrão do tegumentar.
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//
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// Curadoria das imagens (baixadas de commons.wikimedia.org, verificadas
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// visualmente uma a uma pra confirmar que são fotos reais e não diagramas/
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// ilustrações — vários candidatos populares como "Blausen ..." ou
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// "Typical human cell" foram DESCARTADOS por serem ilustrações, não fotos):
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//
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// citologia/nucleo-celular-met.png
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// Micrografia eletrônica de transmissão (MET) real de um núcleo
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// celular. Domínio público. https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Micrograph_of_a_cell_nucleus.png
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//
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// histologia/epitelio-simples-colunar.jpg
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||||
// Mucosa gástrica normal, H&E. Autor: Nephron. CC BY-SA 3.0.
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||||
// https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Normal_gastric_mucosa_intermed_mag.jpg
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||||
// histologia/epitelio-estratificado-pavimentoso.jpg
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||||
// Biópsia normal, H&E. Autor: Samir@enwiki. CC BY-SA 3.0.
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||||
// https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Tinci%C3%B3n_hematoxilina-eosina.jpg
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||||
// histologia/tecido-adiposo.jpg
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||||
// Tecido adiposo em corte de parafina (lipídios dissolvidos no
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||||
// processamento, por isso os adipócitos aparecem "vazios"). CC BY-SA 3.0.
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||||
// https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Yellow_adipose_tissue_in_paraffin_section_-_lipids_washed_out.jpg
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||||
// histologia/cartilagem-hialina.jpg
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||||
// Zonas da cartilagem articular (Bautista et al.). CC0.
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||||
// https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Histology_of_articular_cartilage_zones.jpg
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||||
// histologia/osso-compacto.jpg
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||||
// Osso desgastado (ground section), sistemas de Havers. Autor:
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||||
// Athikhun.suw. CC BY-SA 4.0.
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||||
// https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Compact_bone_histology_2014.jpg
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||||
// histologia/tecido-muscular.jpg
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||||
// Comparação real dos 3 tipos de músculo (esquelético/liso/cardíaco),
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||||
// OpenStax College. CC BY 4.0.
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||||
// https://commons.wikimedia.org/wiki/File:414_Skeletal_Smooth_Cardiac.jpg
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||||
// histologia/tecido-nervoso.jpg
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||||
// Medula espinhal de coelho. Autor: John Alan Elson. CC BY-SA 4.0.
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||||
// https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Rabbitspinalcord100x1.jpg
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//
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// As posições dos hotspots (x/y em % de cada imagem) ficam em
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// frontend/src/data/microscopyHotspots.ts — só apresentação, como no
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// tegumentar. Este arquivo só gera os DADOS da estrutura (nome, descrição).
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import { writeFileSync } from "node:fs";
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import { fileURLToPath } from "node:url";
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import path from "node:path";
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||||
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const __dirname = path.dirname(fileURLToPath(import.meta.url));
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const structures = [];
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function add(system, image, slug, namePt, nameEn, description, region = []) {
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structures.push({
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system,
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slug,
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||||
namePt,
|
||||
nameEn,
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synonyms: [],
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description,
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regionPath: [system === "citologia" ? "Citologia" : "Histologia", ...region],
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// Sem malha 3D — o caminho da fotomicrografia (servida como asset
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// estático do frontend, igual à imagem do tegumentar) fica direto no
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// campo modelFile; MicroscopyDiagram.tsx usa isso pra saber em qual
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// imagem desenhar o hotspot de cada estrutura.
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modelFile: image,
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meshName: slug,
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});
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}
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// ---------------------------------------------------------------------
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// CITOLOGIA — núcleo celular (MET real)
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// ---------------------------------------------------------------------
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const CEL = "/citologia/nucleo-celular-met.png";
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add("citologia", CEL, "nucleo-citologia", "Núcleo Celular", "Cell Nucleus",
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||||
"Maior organela da célula eucariótica; guarda o DNA organizado em cromatina e comanda toda a síntese proteica ao transcrever RNA mensageiro.");
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||||
add("citologia", CEL, "envoltorio-nuclear", "Envoltório Nuclear", "Nuclear Envelope",
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||||
"Dupla membrana que separa o núcleo do citoplasma, perfurada por poros nucleares que controlam a troca de moléculas (RNA sai, proteínas regulatórias entram) entre os dois compartimentos.");
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||||
add("citologia", CEL, "cromatina", "Cromatina", "Chromatin",
|
||||
"DNA associado a proteínas histonas, disperso no núcleo entre divisões celulares; as regiões mais condensadas (heterocromatina) aparecem mais escuras na micrografia.");
|
||||
add("citologia", CEL, "citoplasma-citologia", "Citoplasma", "Cytoplasm",
|
||||
"Conteúdo celular entre a membrana plasmática e o envoltório nuclear — citosol mais as organelas (mitocôndrias, retículo, ribossomos) que sustentam o metabolismo da célula.");
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||||
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// ---------------------------------------------------------------------
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||||
// HISTOLOGIA — Epitélio simples colunar (mucosa gástrica)
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// ---------------------------------------------------------------------
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const EP1 = "/histologia/epitelio-simples-colunar.jpg";
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||||
add("histologia", EP1, "epitelio-superficie-gastrico", "Epitélio Colunar de Superfície", "Surface Columnar Epithelium",
|
||||
"Epitélio simples colunar que reveste a superfície do estômago; suas células produzem muco alcalino que protege a mucosa do próprio suco gástrico ácido.",
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||||
["Tecido Epitelial"]);
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||||
add("histologia", EP1, "fovéola-gastrica", "Fovéola (Fosseta) Gástrica", "Gastric Pit",
|
||||
"Invaginação do epitélio de superfície para dentro da mucosa, por onde as glândulas gástricas desembocam seu conteúdo (ácido, enzimas, muco) na luz do estômago.",
|
||||
["Tecido Epitelial"]);
|
||||
add("histologia", EP1, "glandulas-gastricas", "Glândulas Gástricas", "Gastric Glands",
|
||||
"Glândulas tubulares na lâmina própria, abaixo das fovéolas, formadas por células especializadas (parietais, principais, mucosas) que produzem os componentes do suco gástrico.",
|
||||
["Tecido Epitelial"]);
|
||||
add("histologia", EP1, "lamina-propria-gastrica", "Lâmina Própria", "Lamina Propria",
|
||||
"Tecido conjuntivo frouxo vascularizado que sustenta o epitélio e suas glândulas, presente sob todo epitélio de revestimento das mucosas do corpo.",
|
||||
["Tecido Conjuntivo"]);
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// ---------------------------------------------------------------------
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||||
// HISTOLOGIA — Epitélio estratificado pavimentoso
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// ---------------------------------------------------------------------
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const EP2 = "/histologia/epitelio-estratificado-pavimentoso.jpg";
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||||
add("histologia", EP2, "camada-basal-epitelio", "Camada Basal", "Basal Layer",
|
||||
"Camada mais profunda do epitélio estratificado, apoiada na membrana basal; suas células cuboides se dividem continuamente para repor as camadas superiores que se descamam.",
|
||||
["Tecido Epitelial"]);
|
||||
add("histologia", EP2, "camadas-intermediarias-epitelio", "Camadas Intermediárias", "Intermediate Layers",
|
||||
"Células poligonais em maturação, entre a camada basal e a superficial, ficando progressivamente mais achatadas à medida que se aproximam da superfície.",
|
||||
["Tecido Epitelial"]);
|
||||
add("histologia", EP2, "camada-superficial-epitelio", "Camada Superficial", "Superficial Layer",
|
||||
"Camada mais externa, de células achatadas (pavimentosas); em mucosas úmidas (como esta) as células permanecem vivas e nucleadas, ao contrário da pele, onde se queratinizam e morrem.",
|
||||
["Tecido Epitelial"]);
|
||||
add("histologia", EP2, "membrana-basal-epitelio", "Membrana Basal", "Basement Membrane",
|
||||
"Lâmina de matriz extracelular que ancora o epitélio ao tecido conjuntivo subjacente, servindo de suporte estrutural e filtro seletivo entre os dois tecidos.",
|
||||
["Tecido Epitelial"]);
|
||||
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||||
// ---------------------------------------------------------------------
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||||
// HISTOLOGIA — Tecido adiposo (conjuntivo especializado)
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// ---------------------------------------------------------------------
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const ADI = "/histologia/tecido-adiposo.jpg";
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||||
add("histologia", ADI, "adipocito", "Adipócito", "Adipocyte",
|
||||
"Célula de tecido adiposo unilocular, especializada em armazenar gordura numa única grande gotícula lipídica; no preparo histológico de rotina o lipídio se dissolve, deixando a célula com aspecto de \"anel de sinete\" vazio.",
|
||||
["Tecido Conjuntivo"]);
|
||||
add("histologia", ADI, "nucleo-adipocito", "Núcleo do Adipócito", "Adipocyte Nucleus",
|
||||
"Núcleo achatado, empurrado para a periferia da célula pela enorme gotícula de gordura que ocupa quase todo o citoplasma.",
|
||||
["Tecido Conjuntivo"]);
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||||
add("histologia", ADI, "septo-conjuntivo-adiposo", "Septo de Tecido Conjuntivo", "Connective Tissue Septum",
|
||||
"Fina faixa de tecido conjuntivo (com fibras colágenas e vasos sanguíneos) que separa os lóbulos de adipócitos entre si.",
|
||||
["Tecido Conjuntivo"]);
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// ---------------------------------------------------------------------
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||||
// HISTOLOGIA — Cartilagem hialina (zonas da cartilagem articular)
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// ---------------------------------------------------------------------
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const CART = "/histologia/cartilagem-hialina.jpg";
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||||
add("histologia", CART, "zona-superficial-cartilagem", "Zona Superficial", "Superficial Zone",
|
||||
"Camada mais externa da cartilagem articular, com condrócitos achatados e fibras colágenas dispostas paralelamente à superfície — a orientação que melhor resiste às forças de cisalhamento do atrito articular.",
|
||||
["Cartilagem"]);
|
||||
add("histologia", CART, "zona-intermediaria-cartilagem", "Zona Intermediária (Média)", "Middle Zone",
|
||||
"Zona de transição com condrócitos arredondados dispersos aleatoriamente numa matriz mais espessa, entre a organização paralela da superfície e a colunar da zona profunda.",
|
||||
["Cartilagem"]);
|
||||
add("histologia", CART, "zona-profunda-cartilagem", "Zona Profunda", "Deep Zone",
|
||||
"Condrócitos organizados em colunas perpendiculares à superfície articular, produzindo a matriz mais rica em proteoglicanos — a arquitetura que melhor resiste às forças de compressão.",
|
||||
["Cartilagem"]);
|
||||
add("histologia", CART, "condrocito", "Condrócito", "Chondrocyte",
|
||||
"Célula madura da cartilagem, alojada numa lacuna dentro da matriz que ela mesma secretou (colágeno tipo II + proteoglicanos); ao contrário do osso, a cartilagem não tem vasos sanguíneos — o condrócito se nutre só por difusão.",
|
||||
["Cartilagem"]);
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||||
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// ---------------------------------------------------------------------
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||||
// HISTOLOGIA — Osso compacto (sistemas de Havers)
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// ---------------------------------------------------------------------
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const OSSO = "/histologia/osso-compacto.jpg";
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||||
add("histologia", OSSO, "sistema-de-havers", "Sistema de Havers (Ósteon)", "Haversian System (Osteon)",
|
||||
"Unidade estrutural cilíndrica do osso compacto — lamelas concêntricas de matriz óssea calcificada organizadas ao redor de um canal central com vasos sanguíneos e nervos.",
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||||
["Tecido Ósseo"]);
|
||||
add("histologia", OSSO, "lacuna-osteocito", "Lacuna e Osteócito", "Lacuna and Osteocyte",
|
||||
"Pequena cavidade na matriz óssea calcificada onde vive o osteócito, a célula óssea madura — presa na própria matriz que ajudou a formar quando ainda era um osteoblasto.",
|
||||
["Tecido Ósseo"]);
|
||||
add("histologia", OSSO, "canaliculos-osseos", "Canalículos Ósseos", "Bone Canaliculi",
|
||||
"Canais microscópicos que conectam lacunas vizinhas entre si e ao canal central, permitindo que os osteócitos troquem nutrientes e sinais através de prolongamentos citoplasmáticos, mesmo enclausurados na matriz dura.",
|
||||
["Tecido Ósseo"]);
|
||||
add("histologia", OSSO, "canal-de-volkmann", "Canal de Volkmann", "Volkmann's Canal",
|
||||
"Canal transversal/oblíquo que conecta os canais de Havers entre si e à superfície do osso, completando a rede vascular que nutre o tecido ósseo compacto.",
|
||||
["Tecido Ósseo"]);
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||||
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// ---------------------------------------------------------------------
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||||
// HISTOLOGIA — Tecido muscular (esquelético, liso e cardíaco lado a lado)
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||||
// ---------------------------------------------------------------------
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const MUSC = "/histologia/tecido-muscular.jpg";
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||||
add("histologia", MUSC, "musculo-esqueletico-histologia", "Músculo Esquelético (Estriado)", "Skeletal (Striated) Muscle",
|
||||
"Fibras longas, cilíndricas e multinucleadas (núcleos na periferia da célula), com estriações transversais bem visíveis; contração voluntária e rápida.",
|
||||
["Tecido Muscular"]);
|
||||
add("histologia", MUSC, "musculo-liso-histologia", "Músculo Liso", "Smooth Muscle",
|
||||
"Células fusiformes (afiladas nas pontas), mononucleadas, sem estriações visíveis; contração involuntária e lenta, encontrado nas paredes de vísceras e vasos.",
|
||||
["Tecido Muscular"]);
|
||||
add("histologia", MUSC, "musculo-cardiaco-histologia", "Músculo Cardíaco", "Cardiac Muscle",
|
||||
"Fibras estriadas, geralmente com um único núcleo central, que se ramificam e se conectam a fibras vizinhas por discos intercalares — a base estrutural da contração involuntária e sincronizada do coração.",
|
||||
["Tecido Muscular"]);
|
||||
|
||||
// ---------------------------------------------------------------------
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||||
// HISTOLOGIA — Tecido nervoso (medula espinhal)
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||||
// ---------------------------------------------------------------------
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||||
const NERV = "/histologia/tecido-nervoso.jpg";
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||||
add("histologia", NERV, "substancia-branca-histologia", "Substância Branca", "White Matter",
|
||||
"Região formada principalmente por axônios mielinizados (a bainha de mielina, rica em lipídios, é o que dá a cor clara/pálida); conduz os impulsos entre diferentes níveis do sistema nervoso.",
|
||||
["Tecido Nervoso"]);
|
||||
add("histologia", NERV, "substancia-cinzenta-histologia", "Substância Cinzenta", "Gray Matter",
|
||||
"Região rica em corpos celulares de neurônios, dendritos e sinapses (sem a mielina que clareia a substância branca); é aqui que ocorre o processamento e a integração dos sinais nervosos.",
|
||||
["Tecido Nervoso"]);
|
||||
add("histologia", NERV, "corpo-neuronal-histologia", "Corpo do Neurônio (Soma)", "Neuron Cell Body",
|
||||
"Região do neurônio que contém o núcleo e a maquinaria de síntese proteica; a partir dela partem os prolongamentos (dendritos e axônio) que fazem a célula se comunicar com outras.",
|
||||
["Tecido Nervoso"]);
|
||||
|
||||
writeFileSync(
|
||||
path.resolve(__dirname, "manifest-microscopy.json"),
|
||||
JSON.stringify({ structures }, null, 2),
|
||||
);
|
||||
|
||||
console.log(`manifest-microscopy.json gerado com ${structures.length} estruturas.`);
|
||||
@@ -13,4 +13,10 @@ export const SYSTEMS = [
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||||
{ slug: "tegumentar", namePt: "Sistema Tegumentar", nameEn: "Integumentary System", colorHex: "#e0a96d", order: 9 },
|
||||
{ slug: "regioes", namePt: "Regiões Anatômicas do Corpo", nameEn: "Body Regions", colorHex: "#f472b6", order: 10 },
|
||||
{ slug: "referencias", namePt: "Planos e Linhas de Referência", nameEn: "Reference Planes and Lines", colorHex: "#a3e635", order: 11 },
|
||||
// Citologia/Histologia: sem malha 3D (mesma situação do tegumentar — não
|
||||
// existe dataset aberto de malha 3D real derivada de microscopia pra
|
||||
// célula/tecidos), então usam o mesmo padrão de diagrama 2D com hotspots
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||||
// sobre fotomicrografias REAIS (não ilustrações) — ver MicroscopyDiagram.tsx.
|
||||
{ slug: "citologia", namePt: "Citologia (A Célula)", nameEn: "Cytology (The Cell)", colorHex: "#22d3ee", order: 12 },
|
||||
{ slug: "histologia", namePt: "Histologia (Tecidos)", nameEn: "Histology (Tissues)", colorHex: "#fb923c", order: 13 },
|
||||
];
|
||||
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