novo modelo 3d

data-pipeline/seed/build-manifest-cell.mjs

@@ -1,27 +1,20 @@
-// Gera manifest-cell.json — as 5 organelas do sistema "citologia", com
-// malha 3D REAL (ao contrário de "histologia", que continua sendo
-// fotomicrografias 2D — ver build-manifest-microscopy.mjs).
+// Gera manifest-cell.json — as organelas do sistema "citologia".
 //
-// Fonte: célula HeLa (jrc_hela-2) reconstruída em 3D a partir de FIB-SEM
-// real e segmentada por machine learning pelo projeto CellMap/COSEM do
-// Janelia Research Campus (HHMI) — OpenOrganelle, CC BY 4.0.
-// https://openorganelle.janelia.org/ — DOI da coleção:
-// https://doi.org/10.25378/janelia.c.7456966
-// Extração das malhas: data-pipeline/scripts/fetch-cell-organelles.py
-// Simplificação/compressão final: data-pipeline/scripts/build-cell-model.mjs
-//
-// O nome de cada nó do citologia.glb (definido no script Python) é usado
-// aqui como "meshName" — sem simplificação de nome/exclusão como no
-// esquelético, já que são só 5 peças, cada uma com nome final único.
+// Chegamos a integrar uma malha 3D REAL (segmentação FIB-SEM de uma célula
+// HeLa completa, Janelia OpenOrganelle/CellMap, CC BY 4.0), mas o
+// resultado visual atrapalhava mais do que ajudava pra estudar: a
+// membrana real de uma célula aderente em cultura é achatada e irregular
+// (não a "bolinha" clássica de diagrama didático) e cobria as organelas
+// de dentro. A pedido do usuário, citologia agora é um modelo 3D
+// ILUSTRATIVO — sem malha (modelFile "n/a", mesmo padrão do tegumentar),
+// renderizado com primitivas do Three.js em
+// frontend/src/components/CellDiagram3D.tsx (mesmo princípio do boneco
+// esquemático de Planos Anatômicos, ver Mannequin.tsx).
 import { writeFileSync } from "node:fs";
 import { fileURLToPath } from "node:url";
 import path from "node:path";
 
 const __dirname = path.dirname(fileURLToPath(import.meta.url));
-const MODEL_FILE = "citologia.glb";
-
-const CREDIT =
-  "Malha 3D real, segmentada por FIB-SEM (célula HeLa, jrc_hela-2) pelo projeto CellMap/Janelia Research Campus — OpenOrganelle, CC BY 4.0.";
 
 function structure(slug, namePt, nameEn, description) {
   return {
@@ -30,9 +23,9 @@ function structure(slug, namePt, nameEn, description) {
     namePt,
     nameEn,
     synonyms: [],
-    description: `${description} ${CREDIT}`,
-    regionPath: ["Citologia", "Célula (HeLa) — FIB-SEM real"],
-    modelFile: MODEL_FILE,
+    description,
+    regionPath: ["Citologia", "Célula (modelo ilustrativo)"],
+    modelFile: "n/a",
     meshName: slug,
   };
 }
@@ -48,25 +41,49 @@ const structures = [
     "celula-nucleo",
     "Núcleo",
     "Nucleus",
-    "Organela que guarda o DNA da célula e comanda a síntese proteica; a forma irregular e volumosa vista aqui é real e típica de células HeLa (uma linhagem tumoral, com núcleo frequentemente atípico).",
+    "Organela que guarda o DNA da célula, organizado em cromatina, e comanda a síntese proteica ao transcrever RNA mensageiro; delimitado por um envoltório com poros nucleares.",
   ),
   structure(
-    "celula-reticulo-endoplasmatico",
-    "Retículo Endoplasmático",
-    "Endoplasmic Reticulum",
-    "Rede de membranas contínua com o envoltório nuclear, espalhada por todo o citoplasma; participa da síntese de proteínas (porção rugosa) e lipídios, além do armazenamento de cálcio.",
+    "celula-nucleolo",
+    "Nucléolo",
+    "Nucleolus",
+    "Região densa dentro do núcleo, sem membrana própria, onde o RNA ribossômico é transcrito e as subunidades do ribossomo começam a ser montadas.",
   ),
   structure(
-    "celula-complexo-de-golgi",
+    "celula-reticulo-rugoso",
+    "Retículo Endoplasmático Rugoso",
+    "Rough Endoplasmic Reticulum",
+    "Rede de membranas contínua com o envoltório nuclear, coberta de ribossomos (daí o aspecto \"rugoso\"); sintetiza e processa proteínas destinadas à secreção, à membrana ou a outras organelas.",
+  ),
+  structure(
+    "celula-reticulo-liso",
+    "Retículo Endoplasmático Liso",
+    "Smooth Endoplasmic Reticulum",
+    "Extensão do retículo endoplasmático sem ribossomos na superfície; sintetiza lipídios e esteroides, e participa da desintoxicação de substâncias e do armazenamento de cálcio.",
+  ),
+  structure(
+    "celula-golgi",
     "Complexo de Golgi",
     "Golgi Apparatus",
-    "Conjunto de sáculos membranosos empilhados, tipicamente posicionado perto do núcleo (posição confirmada nesta reconstrução real); processa, modifica e empacota proteínas vindas do retículo endoplasmático.",
+    "Conjunto de sáculos membranosos empilhados, tipicamente próximo ao núcleo; processa, modifica (ex: glicosilação) e empacota proteínas vindas do retículo endoplasmático, endereçando-as ao destino final.",
   ),
   structure(
     "celula-mitocondrias",
     "Mitocôndrias",
     "Mitochondria",
-    "População completa de mitocôndrias segmentadas nesta célula — organelas responsáveis pela produção de ATP por respiração celular; note a variação real de tamanho e forma entre elas, incluindo fragmentação, comum em linhagens tumorais.",
+    "Organelas de dupla membrana responsáveis pela produção de ATP por respiração celular — a \"usina de energia\" da célula; têm DNA próprio e se multiplicam por divisão.",
+  ),
+  structure(
+    "celula-ribossomos",
+    "Ribossomos",
+    "Ribosomes",
+    "Complexos de RNA ribossômico e proteínas que traduzem RNA mensageiro em proteínas; podem estar livres no citosol ou aderidos ao retículo endoplasmático rugoso.",
+  ),
+  structure(
+    "celula-lisossomos",
+    "Lisossomos",
+    "Lysosomes",
+    "Vesículas com enzimas digestivas (hidrolases ácidas) que degradam material vindo de dentro ou de fora da célula — o \"sistema de reciclagem e digestão\" celular.",
   ),
 ];
 

data-pipeline/seed/systems.mjs

@@ -13,8 +13,10 @@ export const SYSTEMS = [
   { slug: "tegumentar", namePt: "Sistema Tegumentar", nameEn: "Integumentary System", colorHex: "#e0a96d", order: 9 },
   { slug: "regioes", namePt: "Regiões Anatômicas do Corpo", nameEn: "Body Regions", colorHex: "#f472b6", order: 10 },
   { slug: "referencias", namePt: "Planos e Linhas de Referência", nameEn: "Reference Planes and Lines", colorHex: "#a3e635", order: 11 },
-  // Citologia: malha 3D REAL (segmentação FIB-SEM de uma célula HeLa
-  // inteira, Janelia OpenOrganelle/CellMap) — ver build-manifest-cell.mjs.
+  // Citologia: sem malha (modelFile "n/a") — modelo 3D ILUSTRATIVO
+  // desenhado com primitivas do Three.js (não há malha 3D real e aberta
+  // de célula pronta pra uso didático) — ver build-manifest-cell.mjs e
+  // CellDiagram3D.tsx.
   // Histologia: sem malha 3D (não existe dataset aberto de malha 3D real
   // de tecido histológico), usa fotomicrografias REAIS 2D com hotspots
   // — ver build-manifest-microscopy.mjs e MicroscopyDiagram.tsx.